Finale: 18.08.2004
| Medaille | Sportler | Nation |
| Gold | Pieter van den Hoogenband | Niederlande |
| Silber | Roland Mark Schoeman | Südafrika |
| Bronze | Ian Thorpe | Australien |
| Rang | Sportler | Nation | Sekunden |
| 1 | Pieter van den Hoogenband | Niederlande | 48,17 |
| 2 | Roland Mark Schoeman | Südafrika | 48,23 |
| 3 | Ian Thorpe | Australien | 48,56 |
| 4 | Ryk Neethling | Südafrika | 48,63 |
| 5 | Filippo Magnini | Italien | 48,99 |
| 6 | Duje Draganja | Kroatien | 49,23 |
| 7 | Salim Iles | Algerien | 49,30 |
| 7 | Andrej Kapralow | Russland | 49,30 |